《宝可梦巡护员》是一款角色扮演游戏，其玩法形式与传统宝可梦角色扮演游戏截然不同。玩家将在菲奥雷地区操控一名宝可梦巡护员，通过名为 “捕捉笔” 的设备临时捕捉宝可梦，该设备需用触控笔操作。 游戏剧情包含 10 个主线任务和 3 个支线任务。玩家若选择男性主角，将有一只负电拍拍全程同行；若选择女性主角，则同行的是正电拍拍 —— 这是唯一会永久陪伴玩家的宝可梦。 捕捉宝可梦时，玩家需用 “捕捉笔” 在目标周围画圈达到指定次数。过程中，宝可梦可能会试图逃离或攻击捕捉笔。捕捉笔设有能量条，功能类似其他宝可梦冒险游戏中宝可梦的生命值计量器，一旦能量条耗尽，玩家会被传送回上一个存档终端。 捕捉笔可在巡护员基地中，以类似宝可梦中心的方式补充能量。存档点分布在基地内及游戏各处，紧急情况下若找不到存档点或距离过远，还可使用快速存档功能。 临时捕捉的宝可梦可在野外派上用场，通过切割、撞击、喷火、喷水等能力完成任务、破解谜题，还能强化捕捉笔的画圈轨迹。例如，选择水系宝可梦协助捕捉新宝可梦时，捕捉笔会生成临时气泡，使目标无法行动，避免其攻击或逃跑。