游戏“Commando Tom Ghost Recon Wars”在翁提维罗斯将军叛乱之后在华雷斯城开始，叛乱活动在墨西哥各地引发了内乱。 尽管 Carlos Ontiveros 死了，但在胡安·德拉·巴雷拉的领导下，叛乱仍在继续， 甚至蔓延到包括哥伦比亚在内的其他拉丁美洲国家， 洪都拉斯和巴拿马，叛军有效地关闭了巴拿马运河。 鬼魂被约书亚·基廷将军派往墨西哥调查叛军持有脏弹的说法， 以及防止叛乱直接袭击领土。 到达墨西哥后，幽灵立即开始摧毁由两门大炮守卫的相当大的叛军阵地， 使更多的美军能够到达主战区。 此后不久，斯科特·米切尔上助对黑鹰 5 号反叛军补给基地的空袭， 在此过程中歼灭了两个敌方武器车队。 鬼魂还得知德拉巴雷拉已经获得了旧的红星四号核弹头。 再加上几枚从运河货船上偷来的巴基斯坦制造的中程克什米拉-II导弹， 叛军现在拥有摧毁任何主要城市的能力。 确认 胁后，Tom Ghost Recon Clancy Advanced 前往 Ciudad Juárez 寻找核武器， 并与希门尼斯上校领导的效忠墨西哥陆军士兵会合。 在墨西哥装甲车和战士的帮助下，鬼魂和他们的盟友清除了这座城市的大部分叛军， 在摧毁当地市场的叛军据点之前，先中和了几个检查站。 然而，当墨西哥军队推进以保护市场时，一场地下爆炸席卷了该地区， 杀死忠诚的先锋队并用致命的辐射淹没该地区。 意识到市场持有失踪的红星四号之一并收容耳鼻喉科迷路了，基廷下令撤退。 在与希门尼斯和他的士兵建立联系后，情报显示，一名能够接触到叛军领导层的当地记者知道剩余两枚核武器的位置， 幽灵与希门尼斯最精锐的士兵合作，摧毁了一系列防空炮台并阻止了叛军的毁灭性反击， 使记者能够安全地被提取出来，并保留她所掌握的信息。 所有其他资产都用于保护突击队汤姆幽灵侦察战争，米切尔和他的小队在当地教堂前与黑鹰 5 联手撤离