游戏开始时，玩家扮演一名变身为宝可梦的人类，可从十六种宝可梦中选择一种，选择依据是游戏初期的性格测试。玩家还需选择一名搭档宝可梦，范围限定于十种。游戏以任务为基础，任务可在公告板上查找、通过邮件请求或随剧情发展触发，包括解救宝可梦、递送物品和护送客户等。成功完成任务可获得奖励和救援点数，以提升团队等级。任务在随机布局的迷宫中进行，目标为完成任务或穿越所有楼层找到出口。迷宫中会遇到野生宝可梦并与玩家队伍战斗，战斗为回合制，在迷宫地图上进行，宝可梦可使用其掌握的四种技能，通过标准“A键”攻击或使用投掷物和其他道具。在迷宫探索过程中，玩家会感到饥饿，需食用食物，食物可在迷宫中找到或提前购买。若主角战败，则游戏失败；若搭档在片尾字幕前战败，同样游戏失败。不过，辅助盟友（包括片尾字幕后的搭档）战败后只会返回基地。