2017年，「近未来观测透镜·示巴」所观测到的未来领域毫无前兆地消失。 根据计算发现--不，是证明了人类将于2018年灭绝。 为什么？怎么会？是谁？做了什么？ 面对众多疑问，「人理延续保障机构·迦勒底」的研究者们陷入了疑惑 就在此时，示巴观测到了新的异变。 公元2004年，在日本的某个地方都市。 在这里，出现了从未出现过的「无法观测的领域」。 迦勒底将这里假定为人类灭绝原因，决定执行尚为试验阶段的第六实验。 那就是回到过去的时间旅行。 将术者灵子化送往过去，通过介入事象，寻找出时空的特异点，查明真相或予以破坏的禁断仪式。 其名为圣杯探索——冠位指定（Grand Order） 这是为了保护人类，与历史对抗，和命运作战之存在的总称。