在阿罗拉地区曾经发生过一个事件，奈克罗兹玛吞噬了日月神以吸取光的能量，后来有一位少年与他的伙伴和宝可梦们一起把力量分享给奈克罗兹玛，使奈克罗兹玛与日月神分离了，最终恢复了光芒。然而一切只是刚开始，一位名叫八木赤炎的素材部部长，突然策划了一个邪恶的阴谋，主角究竟能否阻止呢？