魔理沙突然被召唤到异世界！这个世界似乎遭到外星人的侵略，但事情的真相并不简单。孤立无援的魔理沙必须努力求生，她能否揭开幕后的真相、拯救异世界和博丽灵梦并返回幻想乡？

幻想乡中竟然出现了一个企图通过修改妖怪们的名字来削弱她们力量的邪恶大商人！如此恶毒之人，怎能允许其继续活命？现在，黑暗妖怪露米娅自告奋勇前去除恶！她将渗透人类的村庄，并且吃掉村民来获取新技能。

魔理沙总是到帕秋莉的图书馆去偷书，但这次却不慎踩中了一个魔法陷阱，变成了很小的魔理沙！为了恢复正常的身体，小魔理沙不得不在危机四伏的红魔馆中展开一场冒险之旅！