《名侦探柯南 机关寺院杀人事件》是根据日本漫画家青山刚昌创作的侦探漫画《名侦探柯南》，而改编的同名冒险推理游戏。游戏讲述柯南与小兰在咖啡店遇上了在那里打工的同学美树，而美树的姐姐之前前往旅行，然后就失踪了，的线索是一本被死掉一页的杂志，而被死掉的那一页恰恰是对某个深山古寺的介绍。在这个机关寺院中，一起杀人案正在上演。