换一换 
在口袋妖怪心金魂银中，玩家可以触发多种支线剧情，增加游戏的趣味性和挑战性。例如，携带2009年剧场版赠送的闪光皮丘并前往桐树林的神社，会遇到叉耳朵皮丘加入队伍；解开烧焦塔封印后，炎帝和雷皇将在城都地区随机出现；水君则按顺序在特定地点出现并逃跑，最终与玩家对战。此外，携带阿尔塞罗斯并完成图鉴后，玩家能在阿鲁夫遗迹触发三大空间神兽的剧情，选择帕路基亚、迪亚路加或奇拉蒂娜；最后，在关东地区，玩家可遇到水都兄妹，追踪水都的踪迹。
1. 叉耳朵皮丘 触发条件： 携带09年剧场版预约卷兑换的闪光皮丘。 触发流程： 将闪光皮丘放在队伍的第一位，前往ウバメのもり桐树林的神社处进行调查。 触发剧情后，叉耳朵皮丘会从神社里出现，和闪光皮丘成为好朋友，并加入主角队伍。前提是队伍中有空位，否则可以稍后再来获取叉耳朵皮丘。 此外，在此剧情中，玩家还可与看守桐树林的老人对话，听到有关精灵拥有穿越时间能力的传说。
2. 炎帝&雷皇 触发条件： 解开圆珠市烧焦塔的封印。 触发流程： 在解开封印后，炎帝与雷皇会开始在城都地区的特定地点随机出现，等级为40。 一如既往，这两只神兽遇见后会立刻逃跑，玩家需要再次进行追踪和遇见。 3. 水君 触发条件： 解开水君的封印。 触发流程： 不同于炎帝与雷皇，水君会按顺序出现在多个特定地点，每次遇见后，水君会逃跑，直到最后的地点才会与玩家进行战斗，水君的等级为40。 出现场所： 第一次：タンバシティ湛蓝市上的海滩。 第二次：42号道路中段靠下。 第三次：枯叶市，出港时在岸边。 第四次：14号道路右侧水中，靠近风力发电机一带。 最后一次：25号道路正辉家附近。
4. 三大空间神兽的诞生 触发条件： 携带09年剧场版赠送的阿尔塞罗斯(720)，并完成全国图鉴。 触发流程： 带着阿尔塞罗斯到アルフのいせき阿鲁夫遗迹的一座民宅触发剧情，考古学家将带领主角和草泥马进入遗迹。 在考古学家研究壁画时，主角被传送到一个奇怪的空间，最终来到城都地区最北方的シントいせき新都遗迹。 进入登山者小屋后，主角将遇到新奥地区的冠军白菜姐姐，她将带领主角回到遗迹，准备举行一场仪式。 仪式过程中，主角需选择空间神兽：帕路基亚、迪亚路加或奇拉蒂娜，在精彩的剧情动画后，选中的神兽将加入玩家队伍，等级为1。 剧情结束后，玩家将自动传送回阿鲁夫遗迹。
5. 水都兄妹 触发条件： 需要在关东地区触发。 触发流程： 当剧情进行到为山吹市的小妹妹寻找车票时，主角从口袋妖怪俱乐部拿到一个娃娃，离开时会遇到方缘地区的冠军大吾。 大吾将给主角看水都的照片，照片上显示水都的金心代表红色水都，银魂代表蓝色水都。 大吾接着告诉主角，水都正在关东地区出没，玩家可以开始追寻水都。 水都的等级为35，并且会随机出现在关东地区，遇到后会逃跑。
