在配队之前首先要确定好自己队伍里面的主输出是谁，然后根据自己打算重点培养的武将来为他搭配合适的辅助武将。而在神将三国中，关羽、马超和赵云都是很适合做主输出的角色，具体选谁做主输出则要由自己手里有哪些角色来决定了。如果要围绕着关羽配队的话，必须遵循队伍里要有输出、有疗愈、有辅助的规则来搭配，这里比较适合关羽的是安排刘备和曹操上场。该阵容中曹操和刘备对骑兵和盾兵都有和很优秀的统御资质，而关羽在盾兵统御上虽然稍逊一筹，但重在他的统御属性能够和另外两名武将完美配合起来，使该队伍变成一支以骑兵为主，盾兵为辅的战队。让武将带兵时是可以根据武将特性随时更换主兵种的，也就是说用这个阵容可以在必要时刻将盾兵作为主要军种出战。
从武将的优势发挥上来看，曹操作为队内辅助可以轮流替换队伍的整体输出效果。而曹操所能带来的增益效果包括保护己方最危险的队友，为其套上护盾消除部分伤害。另一种则是给己方输出最高的成员带来会心增益，相当于强化了队内主输出的战斗力。关羽就是队伍里面的主输出了，他可以自行提高自己的暴击率和暴击伤害，和曹操配合使用算是将他打伤战斗力发挥到最大了。刘备以治疗见长，他可以确保团队的生存力，完全可以让关羽安心输出。除了阵容编排外，还需要注意战法的选择，用关羽做输出时最好带上横扫和势不可挡，在关羽的练度尚未到位时可以先靠这两个战法来强化他的战斗力。
三孙组合也是很不错的阵容，队伍需要用到的是孙权、孙策和孙尚香。该阵容中孙尚香和孙策都是可以做主输出使用的，具体选谁的话由玩家的武将培养度来决定。这里建议让孙策做主输出，孙尚香做副输出使用，培养时可以优先培养孙策，因为孙策的输出力算是游戏中比较高的武将了，培养他总是不亏的。给阵容配战法时最好给孙权带上三战三捷以及暴殓，有这两种战法加成的话孙权吸收伤害后还可以另外打出不错的伤害，降低主输出的输出压力。孙策的话用退兵和单骑就行，孙尚香就用一鼓作气和冲阵。总体而言，在神将三国里面搭配阵容时需要注意武将与武将之间能否取长补短以及战法这两点，只有搞好这两点武将才能在阵容发挥出更大的优势。
