如果你根据包含的精彩剧集数量对 X档案：幕后黑手 各季进行排名，那么第三季肯定名列前茅（第四季和第五季也同样出色）。第三季第 2 集《回形针行动》（Paper Clip）为该系列的主线神话开辟了大量新途径。几集之后，《克莱德·布鲁克曼的临终感言》（Clyde Bruckman’s Final Repose）讲述了一个关于生与死的动人故事。文斯·吉里根（Vince Gilligan）执笔的剧集《推手》（Pusher）是一部令人兴奋的惊悚片，而《乔斯·钟的〈来自外太空〉》（Jose Chung's From Outer Space）则是对处在此时外星人绑架事件的一次极其搞笑的恶搞。但 X档案：幕后黑手 毫无疑问将最好的转折留到了最后，即第三季的结局《神迹》（Talitha Cumi），它为该剧最大的启示之一埋下了最初的伏笔。

Image: 20th Century Fox 就像 X档案：幕后黑手 的所有季首和季终集一样，《神迹》探讨了该剧关于围绕外星人和不明飞行物（UFO）的政府阴谋的核心神话。特工穆德（大卫·杜楚尼 饰）和特工斯科莉（吉莲·安德森 饰）正在调查的一起案件涉及一名神秘男子，他在一家快餐店的人质挟持事件中，用手掌治愈了伤者。与此同时，穆德的母亲（丽贝卡·图兰 饰）在与神秘的“抽烟人”（威廉·B·戴维斯 饰）发生言语冲突后中风。 在这一集之前，我们了解到抽烟人几十年前曾在国务院与穆德的父亲比尔·穆德（彼得·多纳特 饰）共事，而穆德的父亲曾是“辛迪加”（抽烟人所属的影子组织）的一员。我们还了解到，早在 1973 年，比尔·穆德就曾要求他的妻子选择一个孩子作为抵押品交给外星殖民者。她拒绝做出选择，于是比尔·穆德决定让穆德的妹妹萨曼莎被带走。比尔·穆德几乎在第二季的结局中告诉了他的儿子这件事，但在他有机会之前，他就被杀手克莱切克（尼古拉斯·利 饰）根据抽烟人的命令杀害了。穆德后来从他母亲那里得知了这一点。

Image: 20th Century Fox 在《神迹》中，穆德一家与抽烟人之间的联系被揭露得更加深厚。在穆德的母亲中风之前，抽烟人在他们过去度假的湖边小屋见到了她。随后，他暗示了他们几十年前的一段私情。 四个季度后，在第七季第 2 集《第六次灭绝 II：命运》（The Sixth Extinction II: Amor Fati）中，抽烟人会直截了当地告诉穆德：“我是你的父亲。”随后在第九季第 19 集《真相》（The Truth）——这也是原剧集的结局中——抽烟人确认的儿子杰弗里·斯彭德明确表示，由于抽烟人与穆德母亲之间的私情，穆德是他的同父异母兄弟。 他在试播集中斯科莉的介绍环节里就是这样出现的，全程没有台词。然而，他身上那种不祥的存在感以及他抽烟的方式，使他成为了曼纳斯所描述的“X档案：幕后黑手 中的达斯·维达”。

Image: 20th Century Fox 后来，当该剧在 2016 年重启第十季和第十一季时，抽烟人还被揭露是斯科莉孩子的父亲，因为他在原剧第七季期间让她怀上了一个外星/人类混合体。