法师阿玛迪斯、骑士庞提乌斯、盗贼佐娅三人在解决巨人后试图将力量还给三位一体，结果三位一体炸了，还出现一个恶灵。
3代剧情
2代的故事之后，这一回可怜的阿玛迪斯在和家人度假时被三位一体召去做任务。这一次是要解决想从占星学院逃出去的骷髅巨人，法师们的火球术对骷髅巨人没有用，于是神器三位一体再次召集法师阿玛迪斯、骑士庞提乌斯、盗贼佐娅三人。
三位一体虽然赋予了三人不死之力，但他们已经厌倦随时被召来跑腿。于是，解决巨人后他们试图将力量还给三位一体，结果三位一体就炸了，还出现一个恶灵。三人跟随恶灵来到学院存放剩下两件神器的地方，在体之器处没发现什么异常，然后在心之器的房间找到了恶灵。恶灵在炸毁心之器后现身，自称名为萨雷克，并感谢三人炸毁了魂之器“三位一体”从而将他释放。
萨雷克离开后，“三位一体”的声音指引三人前往学院图书馆，寻找《守护者编年史》一书。通过这本书，三人了解到一千多年前的往事：萨雷克曾借助魔法实现长生不老，之后却开始疯狂地破坏世界。为防止自己被击败，他还将自己的心藏匿起来。一对姐妹牺牲生命将萨雷克封印，希望未来能有勇士找到萨雷克的心并将其彻底消灭。那对姐妹将萨雷克封印进体之器，而她们二人的灵魂则分别寄居于魂之器和心之器中，在找到萨雷克的心之前，永远看守着他。
为了修复“三位一体”并击败萨雷克，阿玛迪斯三人踏上了寻找“三位一体”碎片的旅程，并在红木森林找到了第一片丢失的碎片。《三位一体3：权力圣器》的剧情到此就结束了，最后还留下了悬念——萨雷克黑化并将妹妹的灵魂困在了心之器中。关于故事后续，目前只有《三位一体4》主菜单谜题的彩蛋暗示三位主角成功击败了萨雷克。
