故事叙述以独占“魔晄能源”与强大军事力量而展露头角的大型综合企业“神罗公司”，旗下拥有私设的精锐特种部队“神罗精锐战士(Soldier)”，其中最精锐的成员被称作“神罗第1精锐战士(Soldier Class 1st)”，是一般平民所尊敬并称羡的地位。 扎克斯是憧憬成为神罗1st特种兵的神罗2nd特种兵成员之一，在神罗第1精锐战士的搭档学长安吉尔的指导下，每天努力执行任务、精进实力。 不过在某次“五台”地区的作战任务中，发生了“神罗战士大量失踪事件”，包括神罗1st战士杰内西斯在内的众多神罗精锐战士因不明原因而失踪。认为事态严重的神罗高层，为了终结战争与了解事件，于是决定派遣神罗精锐战士。 于是扎克斯、安吉尔，以及以“英雄”之名而扬名世界的神罗第1精锐战士萨菲罗斯，被派遣到“五台”展开调查。究竟杰内西斯失踪的真相为何？这3名神罗1st特种兵隐藏的秘密究竟是什么？等待着扎克斯的，将是残酷命运之战。