除了众神和他们的冠军之外，玩家还处理称为 Manikins 的水晶般的分身。 《Final Dissidia for Fantasy》的故事围绕着两个神展开：和谐女神 Cosmos 和不和之神 Chaos。 游戏共有二十二个可玩角色：十个英雄和十个恶棍， 代表 Finals Fanta 到 Final Fanta X 各一个， 和两个秘密角色：代表最终芬达 XI 的女主角， 还有一个代表Final Fanta XII的反派。最初，只有十个主要英雄可以在所有游戏模式中使用。 十个主要恶棍可在街机模式下玩，但仍必须解锁才能在所有其他游戏模式下使用。 宇宙神和混沌神与“世界B”陷入了永恒的冲突， 第一个幻想发生的“世界A”领域的镜像维度， 从主要系列中召唤来自其他世界的几名战士在永无止境的死亡和重生循环中战斗，直到平衡倾向于混沌。 该游戏将《最终纷争》主要系列的主角和对手联合起来， 他们的故事由第二场比赛的 Cid of the Lufaine 讲述。 随着战争似乎接近尾声，宇宙的十名战士联合起来反击混沌的爪牙并恢复平衡。 Cosmos 在上一个周期中失去了大部分力量，赋予了她十名光之战士，Firion，洋葱骑士，Cecil，Bartz，Terra，Cloud，Squall，Zidane， 和 Tidus—取回帮助他们击败混沌的十颗水晶的任务。 他们每个人都开始了一段名为“命运奥德赛”的旅程，在那里他们各自的故事被讲述并相互联系。 在他们的“命运奥德赛”中，英雄们遇到了他们的个人恶棍， 通过对自己的顿悟来击败他们，帮助他们获得水晶。 在“命运奥德赛”之后是“阴影冲动”，所有十名战士都拥有他们的cr晶体， 但是来得太晚了，无法拯救被混沌杀死的 Cosmos。 英雄们开始逐渐消失，但被水晶的力量所拯救， 让他们利用剩下的时间反击恶棍并一劳永逸地击败混沌。 最终，其他勇士离开A世界前往自己的世界，勇士之光开始了另一场冒险， 设定原始幻想的事件，Cosmos 复活并统治 B 世界