敌人仍然控制着 Vekta 星球的大部分地区，尽管 ISA 军队正在奋战，但他们正在失去阵地。 在 Sniper Kill Zone Shooting 中，在 Kill zone 事件发生两个月后，Helghast 受到了上一场比赛的沉重打击， 但战争远未结束。 战争规则已被虐待狂的 Helghast 将军 Armin Metrac 抛弃， Helghast 皇帝 Scolar Visari 雇用他采取残酷的措施，以便在他们过去的失败后夺取主动权并进一步巩固他的地位。 Metrac 和他的得力助手 Cobar 上校正计划抓捕 ISA 的三个关键人物，他们的计划最终成功。 以 Jan Templar 的身份回归，玩家被派去执行一项秘密行动，以拯救被 Metrac 俘虏的人质，而 ISA 部队则继续为自由而战。 扬在战场上的朋友里科·维拉斯奎兹（Rico Velasquez）经常在他穿越敌军的路上协助他。 Jan 的另一位合伙人 Shadow Marshall Luger 也帮助了他。 当 Metrac 抓获 ISA Heff Milcher、科学家 Evelyn Batton 和 ISA 将军 Dwight Stratson 时，Jan 被派去执行救援任务。 经过一系列军事行动后，圣殿骑士紧追着人质的踪迹并追捕科巴，科巴带走了米尔彻和斯特拉森。 米尔彻随后被科巴杀死，但简还是成功地击败了他，尽管科巴驾驶的是一辆私人步行坦克。 圣殿骑士的下一步是突袭梅特拉克的山地要塞并营救巴顿。卢格协助他完成任务。 在那里，他与 Helghan 的许多精英战士（包括一个巨大的控制论单位）作战，然后在最后的对决中遇到并杀死了 Sniper Kill Zone Shooting。 之后，圣殿骑士找到了伊芙琳，并在堡垒被摧毁前与她一起逃跑。 游戏的结尾标志着杀戮区的开始，解放听到维萨里谈到他打算对 ISA 部队使用的核武器