根据游戏的进行方式，有多个结局。此外，玩家还可以选择对抗哪些反派。玩家可以在游戏过程中随时在蜘蛛侠传统红蓝服装和共生套装之间切换。 蜘蛛英雄在一场战斗后遇到了金刚狼，两人解决了分歧并开始追踪其他受感染的公民。最终，蜘蛛英雄发现毒液把人扔进共生体，把他们变成了怪物。两人进行了一场跨城市的战斗，毒液逃脱了，几个豆荚被摧毁。神盾局由黑寡妇带领的团队抵达纽约隔离区，并建立了共生体控制的公民隔离营。 Electro在营地中横冲直撞，寻找他的妹妹；寡妇向他开枪以恢复秩序。 Electro 的妹妹意外感染并用附着在她身上的共生体治愈了他。结果是一个强大的共生怪物，在采取任何措施来控制他之前就起飞了。 蜘蛛英雄决定将修补匠从莱克手中夺走，以利用他的科学天才找到对付共生体的对策。在离开之前，玩家必须选择谁应该将他带入监狱（月亮骑士或秃鹰）。到达监狱后，蜘蛛侠英雄与犀牛联手，利用他的力量帮助解救了修补匠。此时，蜘蛛侠可能会诱使犀牛失去行动能力或破坏他的道德准则并让犀牛逃脱。在 Wilson Fisk 的支持下，修补匠随后设计了一种不会伤害宿主的设备，只会移除共生体；它必须安装在 Trask 大楼，以获得最大效率的声波。修补匠制造装置时，蜘蛛英雄协助神盾局。处理曼哈顿街头的共生体侵扰并为菲斯克做一些差事。首先，他在中央公园与共生体 Electro 对抗，打败了他并阻止他接触城市的电源。击败Electro后，玩家可以选择接触 Electro 以便他可以移除共生体，或者 Spider Hero 可以强行移除它