「ナカノ人格移植研究所」は、船の上の研究室が舞台のアドベンチャーゲームです。船の上から消えた研究員の謎を解き明かすため、プレイヤーは周回しながらミステリーのストーリーを進めます。謎を解く鍵となるのは「人格移植」の技術です。この技術を使えば、プレイヤーは他の登場人物に憑依できます。それぞれの周回の冒頭でプレイヤーが憑依する対象の登場人物を選択することで、その登場人物を主人公としてストーリーを進めながら物語中の謎を解き明かします。プレイヤーは本ゲームの中で 4 つのパートを行き来しながらストーリーを進めます。ノベルパートでは、クリックしながら物語を読み進めます。探索パートでは、画面上のアイテムをクリックしながら物語を読み進めます。移動パートでは、再度ビューでプレイヤーを操作し、船の中を探索します。会議パートでは、他のパートで集めた手がかりを利用して他の登場人物と会話します。