《六边形实验》的故事发生在埃里斯拉星球，1k1公司在这里进行实验性研究。在一次实验中，一艘返回地球的测试飞船发生故障并坠毁在一个定居点。一颗为研究而带回地球的细菌在事故中释放，感染了调查坠毁地点的人，并引发了扩散的传染病。疫情升级为全球规模。在1k1公司内部，两家子公司——1k1工业和1k1创世纪——开发了人类原型泽斯里昂9号。为了对抗疫情，必须在埃里斯拉开发出治疗方法。设定了一个300天的期限来制造疫苗。在此期间，泽斯里昂9号在埃里斯拉的一个中央实验室中操作，周围环绕着温室。泽斯里昂9号的任务是在温室中种植植物以开发治疗方法。此外，出现了一个意想不到的挑战：覆盖特定区域的护盾因电力失衡在夜间失效。当夜幕降临时，泽斯里昂9号必须保护实验室和植物免受星球上漫游的生物侵害。