游戏舞台本作的主要舞台为一艘名为“弦歌号”的太空科考船。与地球失去联络又迷失在太空中的科考船形成了一个另类的“暴风雪山庄”，正是本格推理故事发生的绝佳舞台......故事背景主人公陈绸受好友邀请参加了一个奇怪的实验项目，实验过程中陈绸进入了一个奇怪的容器，再次苏醒时发现自己居然身处一艘太空科研船上，更奇怪的是，在陈绸看来素未谋面的船员们竟都声称认识陈绸，难道这是穿越到了平行世界吗？而在这之后更是接二连三地发生了凶杀案...更加强调玩家主观能动性的推理体验常见的推理游戏中的推理桥段往往是固定的流程，到关键点时再让玩家进行推理，玩家大多数时间在看角色们的讨论，而不是自己推理。这样很难体会到亲自从零推理，一步步抽丝剥茧的本格推理体验。《平行线交点杀人事件》的推理系统希望激发玩家们自主推理的主动性，推理的过程由玩家主动控制，先从哪个思路、线索开始推理由玩家决定，而不是游戏中的固定流程。受平行世界影响的推理与剧情根据玩家在推理中是否使用了平行世界相关的线索，推理将会产生巨大的分歧，可能导向完全不同的凶杀与手法。同时，也会影响后续的剧情走向。