1970 年，也就是 Snake Eater 事件年后，Naked Snake 的前团队 FOX 部门与中央情报局决裂，开始流氓。 Snake 也成为 FOX 部队的目标，派出叛徒 FOX 部队士兵来抓捕他。 Army Team - Metal Gear - Solid Portable Ops Plus 以 FOX 成员之一坎宁安中尉对 Snake 的酷刑和审讯开始。 Lt. Cunningham 正试图找到丢失的那一半哲学家的遗产， 在《食蛇者》结束时，政府已经从手中获得了另一半的遗产。 Snake 被关押在 Roy Campbell 旁边的一个牢房里，他是绿色贝雷帽小组派去调查基地的唯一幸存者。 Snake 通过 Roy 得知他们在 San Hieronymo 半岛（俄罗斯音译“San Jerónimo Peninsula”）或“La Península de los Muertos”，这是哥伦比亚一个废弃的导弹发射井的所在地。 他们透露 Snake 和零被指控犯有叛国罪，而 Snake 被免除指控的唯一方法是找到并逮捕叛乱的 Gene。 Snake 和他的小队击败了 FOX 部队的高级成员，最终他们进入了 Gene 的宾馆。 Snake 在路上学到了很多东西。 坎宁安为五角大楼工作，希望斯内克推动吉恩向发射核武器，以玷污中央情报局的声誉并延长冷战。 吉恩其实从一开始就知道这个计划，是从豹猫那里得到的信息。 吉恩真的很想在发射核弹以摧毁哲学家并使他的士兵国家成为“军队的天堂”