Muv-Luv Alternative Total Eclipse关于游戏EXTRA篇白陵大附属柊学园3年级白银武和青梅竹马鉴纯夏，好友铠衣尊人过着愉快普通的校园生活。某一天的早上，醒来的武发现身旁睡着一名少女。这位名叫御剑冥夜的少女就这样住了下来。由于冥夜的登场与周围的人发生些许变化的关系。随着同学榊千鹤、彩峰慧、珠濑壬姫的加入展开的喜剧日常。与到目前为止平缓的时间相反的急速变化的心。还有期望这些的人与不期望这些的人。前方等待着武的，到底是。UNLIMITED篇白银武与冥夜、纯夏还有同学们一起友好地过着不普通但又平凡的生活。某一天早上醒来的时候，时间已经过了8点。想着要迟到的武急忙飞奔出去，但眼前的却是已经 成为废墟的小镇，和倒在已经倒塌的纯夏的家的人型机器人。武以为这是梦，来到白陵大附属柊学园，那里却变成了“联合国部队横滨基地”。越来越确信这是梦的武，在被当作可疑的人被捕之后，终于开始觉得这不是梦了。被香月夕呼从拘留所里释放的武从她那得知了这个是世界是与地球外起源种“BETA”处于战争中。而且武还无法接受“白银武并不存在于这个世界”的事实。但是为了日后的生存，武接受了香月夕呼的话，无可奈何地开始了训练兵生活。在那里见到了“原来世界的同学们”御剑冥夜、榊千鹤、彩峰慧、珠濑壬姫。当然，冥夜她们并不认识武。武困惑着与战争时期军国主义社会的价值观和觉悟的不同，一边相信着自己总有一天回到原来的世界，一边与冥也她们一起努力训练。在那个战乱的世界中得到的知识、友情和爱极大地影响了武的心。以前自己生活的世界真的是现实，还是梦？在这个世界的自己是真实的自己吗？以及这个世界以后到底会发生什么。